Le aree umide sono un vasto insieme di ambienti diversi tra loro: dai laghetti montani agli invasi artificiali, dai laghi alpini ai corsi d’acqua, dagli stagni alle paludi, dalle lagune agli estuari marini, sino ad arrivare alle acque costiere profonde al massimo sei metri. A questa eterogeneità si accompagna da un lato una straordinaria diversità biologica, associata però ad una considerevole fragilità ambientale e alla presenza di specie e habitat che risultano fra quelli maggiormente minacciati a livello globale.
La Valle del Ticino ospita alcune delle aree umide più rappresentative a livello europeo. Il Ticino, infatti, è uno pochi fiumi di pianura ancora in grado di divagare nel suo letto naturale lungo più di 100 chilometri e, per questo motivo sono ancora presenti le più estese foreste temporaneamente allagate di ontano (Alnus glutinosa) della pianura Padana. Si tratta di un sistema vasto e ben conservato di zone umide laterali (lanche, morte, antichi canali di irrigazione in disuso), oltre che un complesso di zone umide temporanee, che permette di sostenere la più importante popolazione mondiale di rospo della vanga (Pelobates fuscus insubricus), anfibio endemico della pianura Padana e specie in via di estinzione.
Nel Parco si trova anche un complesso sistema di risaie: habitat fondamentale per la conservazione di numerose specie di uccelli acquatici (nidificanti e migratori), anfibi e odonati, molti dei quali minacciati a scala continentale; oltre che le più vaste e meglio conservate praterie da fieno temporaneamente allagate, localmente denominate “marcite”o prati marci.