Specie prevalentemente sedentaria. Gli spostamenti verso i siti di svernamento (in cavità ipogee) coprono in genere poche decine di chilometri. Gli ambienti di foraggiamento elettivi sono caratterizzati dalle aree boscate ben strutturate alternate a zone umide, ma frequenta anche territori più aperti. L’alimentazione è costituita principalmente da mosche e ragni, che cattura quando sono posati sulla vegetazione o al suolo, ma anche da falene e coleotteri che caccia in volo.
Gli accoppiamenti si verificano in autunno. Le colonie riproduttive sono costituite prevalentemente da femmine e nuovi nati. I maschi conducono vita separata in questo periodo dell’anno.
I parti avvengono tra giugno e luglio con la nascita di un solo piccolo.
Età massima registrata: 18 anni.
Viene considerata una specie vulnerabile a livello nazionale (Lista Rossa dei Chirotteri Italiani). Vespertilio smarginato è inserito in allegato II (Specie animali e vegetali d’interesse comunitario la cui conservazione richiede la designazione di zone speciali di conservazione) e IV (Specie animali e vegetali di interesse comunitario che richiedono una protezione rigorosa) della Direttiva “Habitat”. La sua tutela prevede quindi la protezione degli individui, la conservazione dei siti di rifugio e di tutti gli ambienti utili alla sua sopravvivenza e l’istituzione di Siti di Importanza Comunitaria per la sua conservazione.
Nel Parco, la specie è segnalata nelle province di Varese (nota una colonia riproduttiva di circa 25 femmine) e Pavia (nel comune di Bereguardo). In particolare, nel 2010 nei pressi del Comune di Bereguardo è stata accertata la presenza di Vespertilio Smarginato (Myotis emarginatus). Si tratta di una colonia riproduttiva, quindi il sito è occupato solamente nei mesi estivi (da maggio a settembre) e non sono presenti i maschi
La stima numerica degli esemplari della colonia, effettuata attraverso conteggi diretti degli animali e registrazioni video dei pipistrelli in uscita dalla grotta, è di 5000 individui tra giovani e adulti (con 3000 femmine adulte), Le colonie europee note di Vespertilio smarginato ospitano 200, 500, 800, massimo 1000 individui. Quella di Bereguardo dunque rappresenta la colonia riproduttiva più numerosa di questa specie in Europa. Inoltre, in base alla quantità di guano rinvenuto nel rifugio e al numero di pipistrelli presenti, si pensa che la colonia sfrutti il sito da almeno 10 anni.
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